Після закінчення училища у 1881 році їде до Києва, щоб вступити до університету. Але ця спроба через деякі формальності була невдалою (право вступу мали лише випускники класичних гімназій).
У Києві Євген знайомиться з професором історії Володимиром Антоновичем, композитором Миколою Лисенком, бібліографом Михайлом Комаровим, статистиком Олександром Русовим, студентом, а згодом ректором Харківського університету Дмитром Багалієм та іншими. Разом з ними бере участь у роботі „Словарної комісії", діяльність якої згодом дістане вигляду відомого „Словаря української мови" за редакцією Бориса Грінченка.
1883 року був зарахований вільним слухачем природничого факультету Харківського університету. Тут дуже старанно вивчає агрономію. Навчаючись у Харківському університеті включається у громадське життя, входить до української студентської „Громади". Діяльність Є. Чикаленка не залишається поза увагою поліції. У квітні 1885 року був заарештований і виключений з університету за участь в українській драгоманівській „Громаді". Засуджений на п'ять років перебування під наглядом поліції без права проживання в Харкові, Києві, Москві та Петербурзі. Місцем п'ятирічного заслання стали Перешори. Майже десять років прожив у Перешорах, де займається сільським господарством. У своєму маєтку запроваджує найсучаснішу агрокультуру, застосовує машини, здійснює селекцію худоби. Набувши певного досвіду господарювання, Є. Чикаленко пройнявся ідеєю популяризації агрономічних знань серед селянства.
Від 1894 року сім'я Чикаленків мешкає в Одесі. Тут він стає членом української Громади і бере активну участь у її діяльності, а також допомагає видавати часопис „По морю й по суше"; власним коштом видав збірку „ЗОО найкращих українських пісень", які були ним зібрані й допрацьовані у юнацькі роки.
1897 року в Одесі вийшла його перша книжка „Розмова про сільське господарство. Чорний пар, плодозміни і сіяна трава", яка мала величезний успіх у селянства. Усього за період з 1897 до 1918 року побачили світ шість таких книг: „Худоба: коні, скотина, свині, вівці", „Розмова", „Сіяні трави, кукурудза і бур'яни", „Виноград", „Сад", „Лад у полі".
Коли у 1895 році померла восьмирічна донька Євгенія, Чикаленко вирішив усі кошти, які б мали скласти її посаг, віддати на громадські цілі і таким чином вшанувати її пам'ять.
Спочатку вніс у редакцію журналу „Киевская старина" одну тисячу рублів як премію за найкраще написану популярну історію України. Крім того, взяв на себе оплату авторських гонорарів у цьому ж журналі, підтримуючи таким чином Б. Грінченка, Д. Яворницького, М. Коцюбинського та ін. Як меценат, засновує фонд допомоги українським письменникам імені Д. Мордовця. У Перешорах заснував бібліотеку для селян, придбавши багато книг.
У грудні 1896 року брав участь у святкуванні 40-річного ювілею літературної діяльності Д. Мордовця у Петербурзі. Там познайомився з художником І. Рєпіним, Б. Беренштамом, В.Леонтовичем (родичем українського мецената В. Симиренка) та ін..
Захопився українським національним рухом „не тільки до глибини душі, а й до глибини кишені", так він писав в одному з листів до М. Грушевського.
Значну частину коштів починає витрачати на українську справу. Ще 1897 року разом з О. Кониським та С. Єфремовим створюють Українську загальну організацію, яка мала об'єднати всі розрізнені українські громади. Пізніше на основі цієї організації виникло декілька політичних партій, зокрема Товариство українських поступовців (ТУП).
Восени 1900 року Є. Чикаленко переїжджає до Києва. Тут був прийнятий до київської „Старої громади". Це був тодішній цвіт української інтелігенції. Згодом про це він згадував: „В той час треба було мати багато мужності, віри в справу відродження української надії, щоб людям, бувшим на державній службі, обтяженим родиною, належати до незаконного сообщества", за яке загрожувало „поселення в Сибіру". Є. Чикаленко не обмежувався у своїй діяльності проблемами тільки Наддніпрянської України. Він перераховував великі кошти на функціонування Наукового товариства ім. Тараса Шевченка у Львові. У 1904 році фінансував літні університетські курси для галицьких студентів.
У 1902 - 1904 роках, коли М.Грушевський закликав через громадськість до збирання коштів на будівництво Академічного дому у Львові, Євген Чикаленко виділив на це 25 тисяч рублів з умовою надання там кімнат насамперед студентам з Наддніпрянської України.
7 грудня 1930 року вдячне українське студентство урочисто, в присутності митрополита Андрея Шептицького, встановило на стіні Академічного дому пам'ятну дошку з написом: „На вічну пам'ять великого громадянина Євгена Чикаленка, засновника цього Дому. — Українське студентство. 7.ХІІ.1930." (Тепер у цьому приміщенні гуртожиток студентів Академії друкарства, вул. Коцюбинського, 21.) На жаль, нині цієї таблиці немає.
У Києві Євген Харлампійович близько зійшовся з групою молодих українців, що гуртувалися у видавництві „Вік" - Б. Доманацьким, В. Прокоповичем, С.Єфремовим, Ф. Матушевським. Згодом у своїх мемуарах він згадував, що не мав нічого „проти революційно-соціалістичних партій, аби тільки вони стояли на українському національному грунті..., що тепер українська молодь не буде так денаціоналізовуватися, як досі, коли краща, енергійніша молодь наша тікала в революційні російські партії, а буде працювати на українському ґрунті і для нас не пропаде". Свої симпатії виявляв і матеріально. Наприклад, 1903 року передав для Революційної української партії (РУП) тисячу рублів, на які вона випускала тижневик „Селянин".
1905 року, у розпал російської революції, перед українцями постало завдання організації щоденної національної газети. Спочатку (грудень 1905р.) газета виходила під назвою „Громадська думка", а з вересня 1906 - „Рада". Її одноосібним видавцем став Є. Чикаленко. Він уважав, що „Рада" - „се єдиний щоденний часопис в Україні, який будить національну свідомість і смерть його була б для нас другим Берестечком". Для матеріальної підтримки газети доводилось продати частину землі у Перешорах, щоб виручені 10 тисяч рублів вкласти у газету. Часопис виходив до початку Першої світової війни.
Меценат опікувався і хворим Іваном Франком, збираючи для нього кошти і надаючи власні. У листі до Івана Франка 20 лютого 1909 року писав: ..Ви не повірите мені, коли я Вам скажу, що вже з Нового року я живу в борг... Всі запаси, які були, поглинула „Рада", і я мушу позичатися до нового врожаю. Щодо моїх знайомих, то майже всі вони ніяких грошей не мають, а хто має, у того не вирвеш ні на які цілі".
Восени 1914 року, побоюючись можливого арешту, Є Чикаленко виїхав до Петрограду, а звідти - до Фінляндії, де тривалий час лікувався.
Український національний рух значно пожвавився після Лютневої революції 1917 року. Падіння царизму дало можливість активізувати діяльність українських організацій. Уже 4 березня 1917 року, з ініціативи Товариства українських поступовців - Д. Дорошенка, С. Єфремова, Є. Чикаленка та інших — була створена Українська Центральна Рада. Є. Чикаленка мали обрати головою Центральної Ради, але через хворобу він відмовився на користь М. Грушевського. З березня до жовтня 1917 року живе у Перешорах, де займається сільським господарством. Там він підготував друге видання книжки „Розмова про мову", в якій доводить необхідність запровадження рідної мови в освіті, пресі, науці, в державних та інших установах. З цього приводу писав: „Перечитайте минуле життя всіх народів, то побачите, що тільки просвіта на своїй рідній мові будить народ від віковічного сну, визволить його з темноти та бідності на ясний світ до кращого життя".
Хворий Чикаленко у січні 1919 року перебрався у Галичину. З 1920 року перебував у Австрії, а 1925 року переїхав до Чехо-Словаччини, де працював Головою Термінологічної комісії при Українській господарській академії у Подєбрадах.
20 червня 1929 року Є. Чикаленко помер у клініці чеського університету. Похований у Подєбрадах.
Євген Чикаленко - автор „Спогадів" (у двох томах) та „Щоденника", написаних в еміграції. Вони додають багатий матеріал до історії українського руху XIX початку XX ст. Євген Харлампійович вірив, що настануть часи, коли Україна буде вільною: „Хоч український народ багато втратив від того, що загубив свою стародавню назву і безліч його талановитих синів збагачували скарбниці сусідів, а все-таки наближали час, коли український народ таки займе рівне становище поряд з іншими культурними націями світу вже під своєю новою назвою „українців".
Багато думок видатного діяча не втратили актуальності й тепер.
