Церква в Мирі, де зберігалися мощі св. Миколая, чудом уціліла під час розгрому; при ній мешкало декілька монахів. Мощі святого знаходились під підлогою церкви, поширюючи надзвичайний аромат. Загорнувши останки у покривало, їх перенесли на корабель, який щасливо повернувся до міста Барі після 20-денної подорожі.
Одразу ж після цього розпочалось будівництво великого собору. Туди було перенесено мощі святого, які перебувають там до сьогодні. Керував будівництвом храму настоятель монахів-бенедектинців Ілля. Сам собор було зведено на місці двору візантійського вельможі і вважається, що стіни його палацу були використані при спорудженні храму. Абат Ілля запросив найкращих візантійських майстрів. А його послідовник абат Євстафій завершив роботи по оздобленні та декоруванні храму. В 1089 році базиліка була освячена, мощі святого Миколая розмістили в її крипті. Незабаром після побудови церква стала місцем великих історичних подій: 1095 року тут пролунав заклик до Першого Хрестового походу, а 1098 в базиліці пройшов церковний собор під головуванням папи Урбана II щодо питання об'єднання Західної та Східної церков, який, на жаль, не увінчався успіхом.
За своїм зовнішнім виглядом храм нагадує швидше замок, аніж церкву, та слід згадати, що в буремні часи базиліка не раз служила фортецею і надійним оплотом від нападу ворога. Храм прекрасний у своїй простоті та величі. Всередині міститься багато цінних творів скульптури та живопису. Особливу увагу привертає стеля храму. Її досить часто ремонтували та реконструювали. В 1661 році талановитий художник Карло Роза створив унікальний за своєю красою розпис стелі.
Крипта (підземна церква) була споруджена раніше, ніж головний храм. Тут і розміщені мощі святого Миколая. З давніх часів паломники з різних країн Європи прагнули побувати в Барі, помолитися біля мощей чудотворця, прикластися до раки і отримати чудодійне миро. Мироточення мощей триває дотепер. Миро збирається священиками раз на рік - у свято перенесення мощей з Мир Лікійських у Барі 9 травня (22 травня за старим стилем). Миро, яке просочується з мощей (італійці називають його манною), збирається з гробниці в посудину і розбавляється святою водою. Це миро розноситься паломниками з різних куточків світу, приносячи людям розраду і зцілення.
У крипті біля гробниці святого стоїть особлива молитовна тиша: християни з різних країн моляться в духовній єдності, молячись словами з тропаря: «Отче, священноначальнику Миколаю, моли Христа Бога, щоб спаслися душі наші».
