По смерті Патріарха Теофіла святий Кирило одностайно був вибраний на патріарший престол Олександрійської Церкви і очолив боротьбу із єресю Новаціана, що розповсюдилася в Олександрії. Він вчив, що християни, які відпали під час гонінь від Церкви, не можуть бути знову нею прийняті.
Помер святитель Кирило в 444 році, залишивши багато творів. Особливо слід відзначити Тлумачення на Євангелія від Луки, від Івана, Послання апостола Павла до Коринтян і Євреїв, а також апологію на захист християнства проти імператора Юліана Відступника (361 - 363). Величезне значення мають п'ять книг проти Несторія, праця про Пресвяту Трійцю, під назвою "Скарб", написана проти Арія і Евномія, і два догматичні твори про Пресвяту Трійцю, у яких подано точний виклад вчення Церкви про походження Святого Духа.
